Deux années se sont écoulées depuis que Naruto Uzumaki est parti suivre son entraînement en compagnie de Jiraya. Il revient de son voyage à l'âge de 15 ans. Après son retour une terrible menace pèse sur Konoha et sur le monde entier... Se sentant plus fort, Naruto Uzumaki partira également à la recherche de son ami Sasuke Uchiwa. Lors de son périple il aura à affronter les terribles membres de l'Akatsuki qui sont à la recherche des bijuus.
